En 1605, après dix-neuf années de présence à Usson, Marguerite fit son retour dans la capitale. Elle n'avait pas changé — tout au moins en ce qui concernait ses goûts ; quant au physique, elle est devenue « horriblement grosse » à en croire Tallemant des Réaux. Elle était devenue très dévote et Vincent de Paul fut un temps, son aumônier.
Finalement, Marguerite gagna son procès qui l'opposait à Catherine Henriette de Balzac d'Entragues, marquise de Verneuil, favorite du roi Henri IV , et récupéra l'Auvergne. Mais ne retenant que l'usufruit, elle fit don par testament, de la province au Dauphin, le futur Louis XIII. Sa victoire en justice marqua aussi la défaite définitive d'Henriette d'Entragues qui osait contester la légitimité de la reine Marie de Médicis. Marguerite fit de Marie de Médicis, une solide alliée. Désormais, Marguerite de Valois pouvait mener librement la vie fantasque qui lui plaisait en compagnie de nombreux jeunes favoris, sans que personne puisse trouver à redire contre cette grande et généreuse dame qui savait perpétuer le souvenir de la brillante cour des Valois.
Riche des dédommagements reçus après l'annulation de son mariage, "La reine Margot" pouvait désormais tenir son rang, elle se fit bâtir, sur la rive gauche de la Seine, un vaste et somptueux hôtel qui devint le nouveau rendez-vous des écrivains et des artistes.Il était face au Louvre , aujourd’hui, rien de ce bâtiment qui donna un caractère aristocratique à ce quartier qui était plutôt voué à l’Église et à l’Université , seule une chapelle, dite <<des louanges>>, située dans la cour Bonaparte de l’école des Beaux-Arts, rue Bonaparte, témoigne encore de la présence de ce vaste "hôtel" en ce lieu
Son << hôtel>> devint un haut lieu de la vie parisienne intellectuelle, politique et aristocratique